На чемпионате мира по авторалли 2006 года (the World Rally Championship, WRC) компания Skoda Auto поддерживает три раллийных команды. Команду из Чешской Республики Czech Rally Team Skoda-Kopecky, за которую выступают чемпион Чехии Ян Копецки (Jan Kopecky) и Филипп Скованек (Filip Schovanek). Эта команда стартовала на автомобиле Fabia WRC и планирует участие в десяти этапах чемпионата, которые состоятся в Европе.

Вторая команда The Red Bull Skoda Team находится в Австрии и участвует в мировом рали на двух автомобилях Fabia WRC. На одном автомобиле выступает финский гонщик Гарри Рованпера (Harri Rovanpera), который в апреле этого года заменил Жиля Паницци (Gilles Panizzi). Второй Fabia WRC управляет молодой Андреа Айне (Andrea Aigner) со штурманом Клаусом Вика (Klaus Wicha), который пришёл в команду в мае вместо Тимо Готтшака (Timo Gottschalk).

First Motorsport Skoda Team является третьей командой Skoda. Её Fabia WRC управляет экипаж Франко Дюваля (Francois Duval) и Патрика Пивато (Patrick Pivato). Команда зарегистрирована в Бельгии.

2007 год будет посвящен разработке и тестированию нового автомобиля Skoda категории S2000. Даная категория станет наиболее популярной в мировых соревнованиях по авторалли в следующем году. Перед конструкторами Skoda Auto стоит цель разработать автомобиль, который станет доступным для большего количества частных команд, а также молодых талантов, как на национальном, так и на международном уровне. В том случае, если автомобили WRC будут исключены из национальных чемпионатов по ралли в ближайшем будущем, Fabia S2000 станет новым оптимальным решением для раллийных команд во всем мире.

Однако недавно было объявлено, что команда Red Bull Skoda, скорее всего, покинет чемпионат WRC в 2007 году, о чем сообщил  Autosport.com. Причиной этому, по словам представителей команды, стал уход марки Skoda из зачета автомобилей класса WRC. Вместо этого чешский автопроизводитель намеревается сосредоточиться на развитии нового автомобиля класса Super 2000.

Таким образом, в следующем сезоне Red Bull, фактически, остается без заводской поддержки. Поэтому сейчас представители компании ищут новых партнеров. По их словам, австралийский пилот Андреас Эйгнер (Andreas Aigner) в следующем году продолжит пользоваться поддержкой Red Bull, но пока не ясно за какую команду он будет выступать и на каком автомобиле.

Неясной остается также судьба других частных команд, которые в этом сезоне выступали на автомобилях Skoda Fabia WRC. В следующем году им придется либо менять технику, либо "докатывать" старые автомобили.